Tinutul a fost locuit din timpuri foarte îndepartate, înca din mileniul I î.e.n.. Aici au trait dacii, apoi romanii care aveau un castru puternic la Boita (caputum stenarum) si drumul spre Apulum care trecea prin apropiere.

În evul mediu populatiei românesti de aici i se adauga colonistii germani veniti în sec. al XII-lea si al XIII-lea. Prima mentiune documentara despre o asezare pe locul actual al orasului dateaza din 1204 – într-un document al regelui Emeric sub denumirea de "Rivetel".

Gradul de dezvoltare si numarul crescut al locuitorilor face posibil ca în jurul anului 1300 sa înceapa constructia unei impunatoare biserici fortificate. Ea a fost ridicata pe temelia unei bazilici realizata în stil romanic, cu un masiv turn spre vest. Odata cu cresterea primejdiei turcesti,s-a trecut la fortificarea acestei constructii, dându-i un caracter militar, introducându-se si modificari de stil de la romanic la gotic.

Localitatea începe sa se dezvolte din punct de vedere economic tot mai mult, mai ales în sec. XIV-XV. Breslele si meseriile de asemenea se dezvolta cu iuteala, în special productia de seceri, care erau adesea exportate peste granita. Pentru ca se practica si agricultura, secerile erau folosite mult si de localnici, asa cum reiese din unele documente, unii din ei aveau mosii întinse.

Pe lânga breslele care produceau seceri, se cuvin a fi mentionate, în secolul al XVI-lea, alte câteva bresle importante din diferite domenii. Aparusera astfel producatorii de lâna, selarii si olarii care, mai târziu, în secolele XVIII- XIX aveau sa se transforme în manufacturi si apoi în fabrici. Desele invazii ale turcilor în Tara Româneasca faceau ca primejdia sa creasca pentru Cisnadie. Din aceasta cauza se va observa tot mai mult o întarire a legaturilor dintre domnii Tarii Românesti si conducatorii localitatii Cisnadie.
În 1241 asezarea este distrusa de mongoli. În 1323 apare, într-un document emis de regele Carol Robert de Anjou, pentru prima data, si denumirea germana a localitatii: "Heltau", sub titulatura de "Civitas".

În perioada anilor 1456-1462, conflictele comerciale ce apar temporar între Vlad Tepes, care proteja pe negustorii munteni, si negustorii sasi din Ardeal determina pe cisnadieni sa-si fortifice cetatea, ridicând un al doilea zid în jurul cetatii, construind niste turnuri puternice în interiorul ei, procurându-si totodata si arme de foc. 

La 1460 sunt atestati peste 100 de mestesugari la o populatie de 200 familii.
În 1490 turcii au ars asezarea, iar în 1493 au revenit, dar au fost înfrânti la Turnu Rosu, la lupta participând si cisnadienii. Mai târziu, în timpul evenimentelor de la începutul sec. al XVII-lea, când Mihai Viteazul faurea prima unitate politica a celor trei tari romanesti, cisnadienii au avut putin de suferit, chiar daca erau în apropierea operatiunilor militare, lupta având loc la Selimbar, în 28.10.1599.

Atitudine loiala fata de cisnadieni a avut printul Gheorghe Racotzi care a domnit între 1630-1648. Chiar daca din 1634 le-a impus o încartiruire de soldati pe termen de 10 zile care n-a fost placuta deloc, datorita salbaticiei mercenarilor, totusi cisnadienii au primit de la principe multe privilegii. A acordat tesatorilor mari drepturi, le-a luat apararea împotriva exigentei notarului de stat din Sibiu si cu aceasta ocazie Cisnadia este mentionata din nou ca un târg.

La sfârsitul secolului XVII-lea si începutul secolului XVIII-lea austriecii reusesc sa patrunda în Transilvania, sa înlature dominatia otomana, pe care o înlocuiesc cu cea habsburgica, mult mai aspra asa cum va reiesi din analiza unor documente. Nemiloasa dominatie habsburgica va duce la izbucnirea numeroaselor rascoale.
În 1806, Cisnadia a primit de la Împaratul Francisc reînnoirea vechiului drept de a avea târg, fapt pentru care s-au cheltuit multi bani, la vremea respectiva, întrucât sibienii se împotriveau. La începutul sec. al XIX-lea, numerosi vizitatori ai Sibiului si Cisnadiei dau informatii pretioase cu privire la harnicia cisnadienilor si la numeroasele mestesuguri practicate de acestia. Însa prosperitatea si bunastarea materiala a cisnadienilor au fost afectate de multe nenorociri, din care mentionam: ciuma din 1604, 1660 si cea din 1737/1738, incendiul din 17 ianuarie 1841, când au ars multe case si hambare de cereale. Paguba a fost evaluata atunci la 6000 de guldeni, suma foarte mare în vremea respectiva. În perioada 1844-1862 au mai fost înca 11 incendii care au distrus 106 case, cu vitele si cerealele aferente. Apoi, pierderi mari le-au fost aduse cisnadienilor si în 23 august 1857 când, în urma unor ploi torentiale, comuna a fost inundata si multe poduri rupte de ape. 

În 1944 armata sovietica deschide în Cisnadie un lagar pentru prizonieri iar un an mai tarziu incepe deportarea sasilor spre lagarele din URSS
În 1948 toate fabricile textile din Cisnadie se nationalizeaza si se formeaza mari intreprinderi textile care atrag forta de munca din toata tara. Cisnadie este declarat oficial oras in acelasi an.

Dupa 1990 incepe privatizarea intreprinderilor textile care duc la o situatie sociala defavorabila. Punctul culminant al crizei este atins in 1998 dupa ce Covtex da faliment si 5000 de angajati raman someri.

În ultimii ani situatia a inceput sa se redreseze, o atentie deosebita este acordata de noua administratie pentru atragerea de noi investitori straini in zona.